Struktur Organisasi SMK Prestasi Prima 2019-2020
| Kepala Sekolah | David H. Silaen, S.T., M.Pd. |
| Waka. Kurikulum | Irham Azhari A, A.Md |
| Asst. Waka. Kurikulum | Yanwar Nugraha,S.Pd. |
| Waka. Kesiswaan | Martupa S, S. Th, M. A |
| Waka. Sarpras | Drs. Ng. Hidayat |
| Kaprog TKJ | Denny Gunawan, S. Pd. |
| Kaprog RPL | Syahidah Humairoh, S. Pd. |
| Kaprog MM | Roby Arwanto, S. Kom. |
| Kaprog BC | Hendry Kurniawan, S.Kom |
| Kaprog A/B | Yatafati Gulo, S. Th. |
| Pembina Siswa | Arief Wiriano, S. Pd. |
| Pembina Siswa | Andi Putra Wicaksono, S.Or. |
| Pembina Siswa | Micael G. Silaen, S.Pd. |
| Kepala TAS | Endang Sutisna |